L'agent spécial Pike est pris en embuscade dans une fusillade alors qu'il travaillait sous couverture avec une famille criminelle japonaise locale. Le NCIS et le FBI vont enquêter et découvrir une guerre de clans. Par ailleurs, Kai doit accepter que son père fasse l’objet d’une enquête fédérale pour avoir accepté de l’argent sale de son ami d’enfance.