De retour au sein du NCIS, Sam et Deeks restent traumatisés après avoir été torturés par Isaak Sidorov et ses sbires. Les deux hommes doivent maintenant se reconstruire et oublier ce qui s'est passé. Alors qu'ils sont toujours à la recherche des bombes nucléaires volées, les membres de l'équipe traquent également Marcel Janvier, alias le Caméléon. Celui-ci est parvenu à prendre la fuite et demeure introuvable.