Au début de cet épisode spécial, une nouvelle élève du nom de Haibara arrive dans la classe de Conan. Elle réside dans la même rue où se situe la maison de Shinichi. Les Détectives Junior emmènent Haibara dans une de leurs enquêtes, au cours de laquelle ils découvrent une organisation criminelle impliquée dans la fabrication de faux billets. Dans la seconde partie de l'épisode, la nouvelle élève révèle à Conan sa véritable identité : elle serait la créatrice du médicament l'ayant fait rétrécir. Elle aurait elle-même ingéré une gélule, expliquant ainsi son corps d'enfant.