Natsume continue la mission qu'il s'est fixé, celui de libérer les yōkai qui sont sous l'emprise du Livre des Amis qu'il possède, convoité cependant par d'autres yōkai pour des raisons moins nobles. Ces derniers se montrent de plus en plus envahissants et sortent de la forêt pour s'infiltrer dans la maison de ses parents adoptifs. Ne souhaitant pas les impliquer davantage, il doit se dépêcher d'agir car malgré la protection de Nyanko-sensei, le danger n'est jamais loin pour lui et ses proches...