Shoko revient une fois de plus à la forteresse sans avoir trouvé le refuge des Mini-Ninjas. Son grand-père, écoeuré par cet énième échec, met Kitsune aux commandes de ses troupes à la place de Shoko, et celle-ci, offensée, décide d'abandonner la forteresse. Shoko s'établit une nouvelle base dans la forêt sans réalisé qu’elle a construit sa cabane à quelques mètres à peine de l’arbre secret où se trouve le Ninja-Raft. Les Mini-Ninjas doivent l'éloigner de là à tout prix et sans éveiller de soupçons. Mais leurs tentatives se retournent contre eux et pour couronner le tout, Ashida arrive à son tour dans les parages à la recherche de sa petite-fille après s'être rendu compte de l'inutilité de Kitsune au commandement d'une armée. Nos héros devront déployer toutes leurs ressources détourner d'eux l'attention de leurs ennemis et les faire rentrer à la forteresse, loin de leur cachette secrète.