Kit Harington 1986. december 26-án született Londonban. Apai és anyai ágon is nemesi származású. Édesapja, Sir David Richard Harington, 15. baronet és könyvkereskedő, 1944-ben született. Édesanyja, Deborah Jane Catesby Harington (született: 1947) korábban színdarabok írásával foglalkozott. Van egy idősebb fiútestvére, John "Jack" Catesby Harington, aki 1984-ben született. Családjában a 16. század óta öröklődik a baroneti cím apáról fiúra, ezen kívül több híres brit politikus, királyok és egy báró is akad felmenői között. Már egészen fiatalon érdekelték a művészetek. Egy időben a fotózásban és a rajzolásban élte ki ezen irányú hajlamait. Eredetileg haditudósító vagy újságíró szeretett volna lenni, de végül - szülei legnagyobb meglepetésére - mégis a színészet mellett döntött. Tíz éves korában a család elköltözött Worcesterbe. Az általános iskolát Southfieldben végezte el 1992 és 1998 között. Martley-ban, a Chantry Középiskolában érettségizett, majd a Worcester Sixth Form Főiskolán tanult dráma és színházi tudományok szakon. Végül a London Egyetem egyik kihelyezett szakán (Central School of Speech and Drama) folytatta tanulmányait, ahol 2008-ban diplomázott le.