Quando un marinaio giapponese viene ucciso sul suolo americano e le prove collegano il caso al precedente omicidio della ragazza della vittima in Giappone, l'NCIS deve trovare l'assassino prima che venga accusata la persona sbagliata e il caso inneschi una crisi diplomatica. Inoltre, il capitano Milius fa una richiesta personale a Tennant.