어느 날, 나츠메는 마당의 나무 위의 새 둥지에서 혼자 남겨진 알을 발견한다. 호기심 반으로 알을 가져온 나츠메는 야옹선생과 함께 품으며, 어떤 병아리가 나올지 기대에 부푼다. 한편, 그날부터 벽에 요괴의 소행으로 보이는 낙서가 보이기 시작하는데, 그것은 뭔가의 카운트다운을 알리는 숫자였다. 또한 그 무렵 집 앞에 나타난 요괴가 불로장생의 특효가 있는 타츠미라는 요괴의 알을 찾는다며, 나츠메에게 경고를 하고 사라진다. 드디어 알이 부화되고 태어난 타츠미라는 요괴의 새끼 ‘타마’는 나츠메와 야옹선생의 애정 속에 건강하게 자라고 있었다. 그러나 어느 날인가부터 먹기를 거부한 타마. 이유를 알 수 없는 나츠메는 속이 타고, 이 와중에 요괴가 찾아와 타마를 빼앗으려고 한다. 필사적으로 타마를 보호하는 나츠메가 위기에 닥치자, 성장을 거부하고 있던 타마가 드디어 본모습을 드러내어 나츠메를 구하고 본능에 따라 먼 여행을 떠나게 된다.