De Ninja Turtles verdwijnen uit deze wereld. Hun aartsvijand Shredder heeft twee nieuwe mutanten en een gigantische robot bedacht om de schildpadden te vernietigen. Maar ook volgt een mysterieuze, ruim 60 cm grote schildpad de vier helden . Zijn naam is Kerma en hij komt uit Shellrelah, een schildpaddenwereld. Terwijl de schildpadden worden opgeroepen om de schildpaddenwereld in nood te helpen, moet Shredder zijn uiterste best doen in de stad. Kunnen de groene tieners hun mede-buitenaardse schildpadden helpen en de stad redden?