A quarta temporada começa com Booth e Brennan em Londres onde ela faz uma palestra para uma universidade, mas é obrigada a ficar por lá quando um amigo seu, londrino, é morto. Finalmente, depois de muita insistência, Berimbau é encontrado e reluta em assinar o divórcio. Quando finalmente o faz, a relação de Angela e Hodgins está abalada e eles se separam. Assim, Angela inicia um período de celibato para ajeitar sua vida. Sweets começa a namorar uma das estagiárias. No meio da temporada, Booth é sequestrado pelo Coveiro que exige de Hodgins a evidência que está com ele. Booth é colocado em um navio que está prestes a explodir e virar recife artificial. Hodgins vai até o local indicado pelo Coveiro e devolve a evidência. Há uma explosão forte que destrói a evidência. Finalmente, Booth é encontrado e salvo com a ajuda do irmão de Booth. A equipe do Jeffersonian descobre quem é o Coveiro.