Il misterioso Go invita Kei e Benkei a salire sullo Shin Getter mentre in superficie la battaglia infuria, resa ancora più feroce dalla comparsa di un'enorme fortezza mobile simile ad una torre, comandata dall'ex membro della squadra Getter, Hayato e dal Prof. Shikishima. I due sono a capo anche della squadra di robot che sta combattendo contro gli Invasori. L'esito della battaglia sembra scontato ma le sorti della partita vengono ribaltate dalla comparsa dello Shin Getter Robot, che massacra con facilità i mostri nemici. Gli eroi però, invece di gratitudine, ricevono in cambio le manifestazioni di odio dei piloti, comandati da Schwarz, schierati contro i giapponesi, ritenuti colpevoli di aver scoperto i Raggi Getter che hanno distrutto il mondo. Hayato e Shikishima provocano l'emersione dello Shin Dragon dal sottosuolo e spiegano a Benkei il loro proposito di distruggelo. Gli Invasori sferrano un attacco a sorpresa, fondendosi col rottame di un enorme robot abbattuto il giorno stesso; Benkei è ferito e non può sostenere lo stress di guidare una Getter Machine. Go decide che sarà Gai, il meccanico della squadra, a prendere il posto di Benkei e così una nuova Squadra Getter decolla in cielo. Nel frattempo Cowen e Stinger, dopo tredici anni di assenza, tornano con nuove trame oscure...